第壱話〜第七話

（この部分の物語の印象） 碇シンジが暗い性格であり、このままの展開ではあまりにも暗い話では、と思わせるような 印象を受ける。トウジ・ケンスケの両クラスメートに若干救われる所があるものの、明るい印 象を持つ人は多くあるまい。

孤独と逃走第参話・第四話 シンジは学校で友達もできず、単調な生活をおくっていた。 しかしエヴァンゲリオンに乗っている事が明らかになり、シンジはクラスの注目を集める事に なる。 その一方、先の戦闘で妹を負傷させた原因を作ったシンジを許せないクラスメートである鈴原 トウジは、シンジを殴り倒す。 「僕だって、乗りたくて乗っている訳ではないのに。」 そんなとき非常召集がかかり、シンジはエヴァンゲリオン初号機で出撃。 第４使徒「シャムシエル」と戦闘状態に陥る。 戦闘途中にエヴァへの電源供給を行っている「アンビリカルケーブル」が切断され、鈴原トウ ジ・相田ケンスケの２人を「エントリープラグ（操縦席）」に乗せるというアクシデントが あったものの、ミサトの命令を無視して勝利を納める。 そのことが原因でミサトとの行き違いが生じ、その結果シンジは家出をする事になる。 家で中のシンジは、結局ネルフの諜報部員により捕らえられ、ネルフへ連行される。 ネルフの登録を抹消され、以前の生活に戻ろうとするシンジ。 しかしミサトの「がんばってね」の言葉を思いだし、結局はミサトの元へと帰るのであった。

綾波レイ第伍話・第六話 ネルフ地下第２実験場。エヴァンゲリオン零号機が機動実験中に暴走。レイは負傷し、必死 に助けようとした碇ゲンドウも手に火傷を負う。 シンジは父、ゲンドウと楽しげに話すレイに興味を持つ。 零号機の再起動実験に成功した最中、第５使徒「ラミエル」が接近。 出撃した初号機は使徒の加粒子砲に撃たれ、シンジは負傷。 ミサトは使徒に対し、「陽電子砲（ポジトロンライフル）」による超長距離射撃を行う「ヤ シマ作戦」を発動。日本中の電力全てを集め、零号機と初号機の２人に任せる事にした。 初のエヴァンゲリオン２機による共同作戦となる。 「わたしは初号機を守ればいいのね。」 「綾波はなぜこれに乗るの？」 「絆だから。」 「きづな？」 「そう、絆。」 第１射をかわされ、反撃をくらうも零号機の防御に守られ、第２射で撃墜。 しかし零号機は大破してしまう。 レイを助けようと、零号機のエントリープラグに駆け寄るシンジ。 レイはその姿に以前自分を助けてくれた、ゲンドウの姿をだぶらせる。 「ごめんなさい。こういう時どんな顔をすればいいのかわからないの。」 「笑えばいいと思うよ。」

ミサトの活躍第七話 「よっしゃ。地球の平和はおまえに任せた。だからミサトさんはわしらにまかせぃ。」 普段のだらしない生活を知っているシンジには、なぜトウジやケンスケがミサトにあこがれ るのかわからなかった。 ミサトとリツコは日本重化学工業共同体ジェットアローン（ＪＡ）の完成披露パーティーに 招待されていた。 しかしネルフの裏工作によってＪＡは暴走。爆発の危機に陥る。 裏工作の事実を知らないミサトはエヴァの発進を要請。自ら乗り込んで暴走をくい止めよう とする。 炉芯融解の寸前でＪＡは活動停止。 しかしこれもネルフの予定されたプログラムによるものだった。 この行動にシンジはミサトに尊敬の念を抱くが、翌日のミサトの生活ぶりに再び失望する。 「やっぱ碇ってお子さまな奴。」 「ホンマやな。」 「どうして？」 「他人の俺達には見せない本当の姿だろ。それって家族じゃないか。」