第八話〜第拾伍話

（この部分の物語の印象） アスカの登場により、話は明るい展開を見せる。エヴァンゲリオンの中でもっとも明るく、コ メディとも思える様な印象すら受ける。 一方エヴァンゲリオン自体の謎の部分も表れ始める。 第拾六話以降の各キャラクターの内面世界の登場により、それは混沌としたものとなっていく。

３体のエヴァ第拾壱話・第拾弐話 零号機の再起動実験中に第３新東京市全体が原因不明の停電。 「やはりブレーカーは落ちたというより、落とされたと考えるべきだな」（ゲンドウ） 「原因はどうであれ、こんなとき使徒が現れたら大変だぞ」（冬月） しかし運悪く戦略自衛隊 府中総括総隊司令部 総合警戒管制室では第９使徒「マトリエル」の 上陸を確認。 一方いつものようにネルフ本部に行けないシンジ・レイ・アスカの３人は、何とかたどり着こ うとあれこれ迷いながら歩き始める。 ネルフが使徒への迎撃体制をとらないのに業を煮やした戦自は、第３新東京市にセスナを飛ば し、ネルフへの伝達を試みる。たまたま地上にいた日向マコトはそのセスナに気づき、ゲンド ウ達に使徒接近を知らせる。 日向の報告を聞き、ゲンドウ達は手動でエヴァの発進準備を開始。 何とか本部まで到着したシンジ達を乗せ、エヴァ３体がようやく発進。 ３体のコンビネーションにより使徒の撃退に成功する。 葛城ミサトは一尉から三佐へ昇進。その昇進パーティーが行われていた。 ゲンドウ・冬月共に南極へ「ロンギヌスの槍」を取りに行って留守にしている間、インド洋上 空の衛星軌道上に第10使徒「サハクィエル」が出現。衛星軌道上からのＡ．Ｔフィールド落下 による攻撃を第３新東京市に対して行いつつあった。 ミサトはＤ−１７を発令し、半径５０ｋｍの全市民を避難。エヴァ３体で使徒を受け止めると いう無謀な作戦を立案、実行に移した。 成層圏より飛来した使徒への直接攻撃、奇跡的にも作戦は成功した。南極にいるゲンドウにシ ンジは初めて誉められる。 「よくやったな、シンジ。」

ＭＡＧＩ第拾参話 模擬体によるAutoPilotの実験中、第８７タンパク壁にシミの様なものが発見された。 しかしこれが急激に増殖。Ａ．Ｔフィールド発生を確認し、使徒であることが確認された。 ゲンドウはエヴァへの浸食を恐れ、パイロットなしでエヴァを発進。エヴァなしで使徒と戦う 事となる。 使徒に対して有効的な手段はなく手をこまねいている一方、使徒はコンピュータへのハッキン グを開始。保安部のメインバンクからMAGI MELCHIOR-1への侵入をあっさりと許してしまう。 BALTHASAR-2への侵入中にリツコの指示でロジックモードを変更、なんとか時間稼ぎに成功す る。 その間にプログラミングされたリツコとマヤの「自滅促進プログラム」により、使徒は自滅。 使徒のMAGIの完全な制圧は寸前のところで回避される。 尚、話の中でMAGI誕生の秘密が多少明らかにされる。

人類補完計画第拾四話 人類補完委員会特別召集。予定外のネルフへの使徒侵入についてゲンドウは詰問を受ける。 ネルフでは機体相互互換試験が零号機・シンジと初号機・レイとで行われており、リツコはダ ミーシステムの計画遂行を確信する。しかし零号機はまたも謎の暴走を起こす。 ゲンドウと冬月の会話にアダム計画（人類補完計画？）、ロンギヌスの槍という言葉が登場。 エヴァンゲリオンの謎の部分が深まっていく。

それぞれの生活第拾伍話 加持リョウジはネルフの下部組織、マルドゥック機関の内偵をしていた。その事実を知りなが ら、ゲンドウは加持を自由に泳がせている。 シンジは久々のユイの墓参りを、ゲンドウと一緒にするのが何となく憂鬱である。 レイにも何を話したらいいのかと前日に相談をする。 相談の最中、「お母さんの感じがした」という言葉にレイは動揺してしまう。 結局はゲンドウと一緒にいれるのが、うれしいのに違いないのではあるが。 ミサトは友達の結婚式にリツコ、加持と参加。加持はリツコにスパイ活動をほどほどにするよ うに釘をさされる。その帰り道、ミサトは加持に愚痴をこぼし始める。 一方シンジはアスカとのファーストキスを体験。シンジとアスカの距離は少し縮まる。 しかし加持がミサトと一緒に帰って来た事でアスカは不機嫌に。 翌日、セントラルドグマ地下２００８ｍ、ターミナルドグマにてヘブンズドアを開けようとす る加持リョウジがいた。 その背後から拳銃をつきつける葛城ミサト。 「特務機関ネルフ特殊監査部所属加持リョウジ。同時に日本政府内務省調査部所属加持リョウ ジでもあるわけね。」 そんな状況の中、加持リョウジはミサトにある事実を見せる。 「しかし、司令やりっちゃんも君に隠し事をしている。それがこれさ。」 ＩＤカードを通し、ドアが開く 十字架に磔にされた白い巨大生命体。顔には「秘密結社ゼーレ」の面がかぶせられている。 そして胸には「ロンギヌスの槍」が突き刺さっている。 「これは？」 「まさか？」 「そう。セカンドインパクトからその全ての要であり、始まりでもある・・・アダムだ。」 「アダム。あの第１使徒がここに？　確かにネルフは私が考えている程、甘くないわね。」