第拾六話〜第弐拾話

（この部分の物語の印象） 第拾六話よりこのアニメーションの特徴ともいえる「内面世界の描写」がかかれる様になる。 碇シンジは序々に変貌を見せ始める。 アスカもシンジへのライバル意識から精神崩壊の一端を見せ始める。 そしてエヴァ自体の正体も描かれる様になる。

四人目のチルドレン第拾七話・第拾八話 ネルフアメリカ第２支部消滅。原因は不明だが、Ｓ２機関実験中の事 故中である事は確かなようだ。エヴァンゲリオン四号機とともに。 残ったエヴァンゲリオン参号機は引き取られ、松代で実験を継続する事となる。パイロットは ダミープラグを使うのではなく、「速やかにコアの準備が可能な」新たな適格者を選出するこ ととなった。 リツコからフォースチルドレンの件を聞いたミサト。シンジにどのように話すかを悩む。 レイの家にプリントを持っていくシンジとトウジ。 部屋を片づけたシンジにレイは「ありがとう」とお礼を言う。 第２支部消滅の件で話すゲンドウと冬月。 初号機へのこだわりが明らかになる。 一方ミサトは加持にマルドゥック機関の秘密を聞き出そうとする。 「コード７０７を調べて見ろ。」 ミサトに秘密を教えなかったものの、ヒントは教える加持であった。 加持と話をするシンジ。 「辛いことはきらいか？楽しいことはみつけたかい？」 シンジに教え諭す加持であった。 レイやアスカは参号機のパイロットを知っているものの、シンジはミサトが教えそびれてしま ったため知らずじまい。 ミサトはシンジが「何を考えているのか恐い。」とリツコに漏らす。 ヒカリはアスカにトウジの事で相談する。 「一つ聞いて言い？あの熱血馬鹿のどこがいいの？」 「優しい所。。。」 実験当日。松代での起動実験中に事故発生。エヴァ参号機、使徒にとりつかれる。 ゲンドウは参号機を「第１３使徒」として処理することに決定。シンジ・レイ・アスカに使徒 としての殲滅を命令する。 レイ・アスカは参号機に誰が乗っているかを知っているが故に、攻撃の手が鈍る。弐号機は沈 黙、零号機は左腕部に使徒が侵入、中破してしまう。 シンジも「同い年の子供が乗っている」と考え、攻撃する事を拒否。 「シンジ、何故戦わない。」 「だって、人が乗ってるんだよ、父さん。」 「かまわん。そいつは使徒だ。我々の敵だ。」 「でも。。。でもできないよ。助けなきゃ。人殺しなんてできないよ。」 「おまえが死ぬぞ。」 「いいよ。人を殺すよりはいい。」 ゲンドウは操縦系統を「ダミープラグ」へ切り替え、半ば暴走状態の初号機が使徒を殲滅する。 「これがダミープラグの力なの？」 「やめてよ！父さん、やめてよ！こんなのやめてよ！」 「くそっ！止まれよ。とまれ。とまれ。とまれ。とまれ。とまれ。」 ダミープラグを握りつぶす初号機。 「やめろ。やめろーーー！」 ミサトからシンジへ連絡が入る。 「ごめんなさい。私、あなたに大事なことを伝えなければいけなかったの。」 「参号機のパイロットは。。。フォースチルドレンは。。。」 参号機のエントリープラグから救出される「鈴原トウジ」のアップ。 「うわぁーーー」

初号機覚醒第拾九話・第弐拾話 「トウジを殺そうとした」父、ゲンドウを許せないシンジ。 「しかしシンジ君。ああしなければ君がやられていたぞ。」 「そんなの関係ないよ。」 「だが、それも事実だ。」 「そんなこと言ってこれ以上僕を怒らせないでよ。初号機に残されている後１８５秒。これだ けあれば本部の半分は壊せるよ。」 「とうさんは、あいつはトウジを殺そうとしたんだ。この僕の手で。」 「父さん、そこにいるんだろ。何か言ってよ。答えてよ。」 しかしＬＣＬ圧縮濃度を限界まで上げ、レーザーカッターでエヴァから強制排出させられる。 「父親に裏切られた。」 シンジは自らの意志で初号機を降りる事を決断。ネルフを後にする。 「僕はもうエヴァに乗りたくありません。ここにもいたくありません。」 「では、出て行け。」 「はい。先生の所に戻ります。」 「又逃げ出すのか。お前には失望した。もう会うこともあるまい。」 「はい。そのつもりです。」 そして新箱根湯本でもはっきり言う。 「僕はもうエヴァには乗りません。」 第１４使徒襲来。ジオフロント侵入と同時に弐号機が攻撃をしかける。 「もう二度と負けられないのよ。私は。」 しかし、両腕・頭を落とされ稼働不能に。 「ちくしょう。」 レイは初号機で出撃しようとするが、初号機がレイを拒否。片腕のない零号機で出撃。Ｎ２爆 雷での爆破を試みるが、頭部破損で同じく稼働不能になる。 その様子を見ていたシンジに加持が声をかける。 「何やってるんだ。シンジ君は。」 「僕はもうエヴァには乗らないから。そう決めたから。」 「それ（サードインパクト）を止められるのは使徒と同じ力を持つエヴァンゲリオンだけだ。」 「だが、君には君にしかできない、君になら出来ることがあるはずだ。」 「自分が今何をすべきなのか。まあ、公開のないようにな。」 「ダミープラグ」を拒否しつづける初号機の前に立つシンジ。 「乗せてください。僕を、僕をこの初号機に乗せてください。」 「何故ここにいる。」 「僕は、僕はエヴァンゲリオン初号機のパイロット。碇シンジです。」 セントラルドグマを直進、第１発令所のミサト達の眼前に現れた第１４使徒。 そこにあらわれたエヴァンゲリオン初号機。 第１４使徒と格闘する初号機。しかし途中で内蔵電源ダウン。 内部のコアがむき出しになり、なされるがままの初号機。 「動け、動け、動け。動け、動け、動け、動け、動け、動け。動け、動け、動いてよ。」 「今動かなきゃ、今やらなきゃ、みんな死んじゃうんだよ。もうそんなのいやなんだよ。 だから、動いてよ。」 どっくん。どっくん。どっくん。 初号機再起動。 「まさか。信じられません。初号機のシンクロ率が４００％を超えています。」 「やはり目覚めたのよ。彼女が。。。」 初号機は使徒をむさぼり食う。 「使徒を、食ってる。。」 「Ｓ２機関を自ら取り込んでいるというの。エヴァ初号機が。」 「拘束具が」 「こうそくぐ？」 「そうよ。あれは装甲板ではないの。エヴァ本来の力を私たちが押さえ込む為の拘束部なの。 その呪縛が今自らの力で解かれていく。私たちにはもうエヴァを止めることはできないの。」 「初号機の覚醒と開放。ゼーレが黙っちゃいませんな。これもシナリオの内ですか？碇司令。」 「始まったな。」 「ああ、全てはこれからだ。」 「第１日目」 　発令所が第２発令所へ。第１発令所は破棄。初号機はケージに拘束中。 　加持はゼーレからの直接命令で動き始める。 　初号機エントリープラグ内では、シンジは消滅しているのが確認される。 「第２日目」 　「まだ生きてる。」　綾波レイ、病室で気が付く。 　「何も何もできなかったなんて。」　アスカ部屋でふさぎ込んだまま。 「第３日目」 　碇シンジのサルベージ計画が立案される。 「第４日目」 　シンジ自身の世界のイメージ。 　シンジの敵のイメージ。 　敵としてのゲンドウのイメージ。 　父・母の前から逃げ出した自分を追いつめるイメージ。 「第３０日目」 　サルベージ計画要項、完成 「第３１日目」 　シンジ自身の世界 　　自分がここにいてもいいという思いこみを確信化する為のイメージ 　　他人との一体化（補完）のイメージ 　サルベージ計画開始 　　自我境界の無限ループ状態へ突入 　　シンジ生還を拒絶 　　エントリープラグハッチ、ＥＸＩＴ 　シンジ自身の世界II 　　これからの自分を決める為のイメージ 　　母親（ユイ）のイメージ 　　生命回帰のイメージ 　　「男だったらシンジ、女だったらレイと名付けよう。」 　シンジ実体化 「第３３日目」 　加持とミサトのベットシーン。 　人類補完計画の秘密を加持から聞き出そうとするミサト。 　加持からカプセルを託されるミサト。