カヲルを殺してしまったシンジ。カヲルと会った湖畔に立っている。
アスカの病室へ赴くシンジ。
「ミサトさんも、綾波も怖いんだ。助けて、助けてよアスカ。」
「ねえ、起きてよ、ねえ、目を覚ましてよ。」
「ねえ、ねえ、アスカ！、アスカ！！アスカぁ！！」
「助けて、助けてよ、助けてよ、助けてよ、助けてよ、またいつものように、僕を馬鹿にして
よぉ。」　「ねぇ！！」
パジャマのボタンが外れ、胸が露わになるアスカ
「はぁ、はぁ、はぁ、はぁ、はぁ、はぁ、はぁ、はぁ、はぁ、はぁ、はぁ、
はぁ、はぁ、はぁ、はぁ、はぁ、はぁ、
はぁ、はぁ、っっん!」
白い精液のついた右手。「最低だ...、俺って..」

ネルフ第２発令所でのマコト・マヤ・シゲル
「ネルフは、組織解体されると思う、俺たちがどうなるのかは見当も付かないな」
「補完計画の発動まで、自分たちで粘るしかないか」

ミサト、自分の愛車の中にて
「出来損ないの群体としてすでに行き詰まった人類を、完全な単体としての生物へと人工進化
させる補完計画 。まさに理想の世界ね。そのために、まだ委員会は使うつもりなんだわ。ア
ダムやネルフではなく、あのエヴァを。。。」

人類補完委員会。ゲンドウ・冬月と１２人の補完委員。
「約束の時が来た。ロンギヌスの槍を失った今、リリスによる補完はできぬ。
唯一、リリスの分身たるエヴァ初号機による遂行を願うぞ。」
「我らは人の形を捨ててまで、エヴァという名の箱船に乗ることはない。」
「これは通過儀式なのだ、閉鎖した人類が再生するための」
「滅びの宿命は新生の喜びでもある」
「神もヒトもすべての生命が死をもってやがて一つになるために」

「ヒトは、生きていこうとする処にその存在がある。それが、自らエヴァに残った彼女の願いだからな。」

端末よりハッキングを試みているミサト
「そお..これがセカンド・インパクトの真意だったのね...」
警報音。ディスプレイが赤い「DELETE」で埋まっていく。
「気づかれた！」「いえ、違うか、始まるわね。」

ネルフ第２発令所。警報音。
「外部との全ロット、情報回線が一方的に遮断されています。」
「敵はMAGIか。」
「少なくともMAGIタイプ５。ドイツと中国、アメリカからの侵入が確認できます。」
「ゼーレは総力を挙げているな。彼我兵力差は１対５、分が悪いぞ。」
「まずいな、MAGIの占拠は本部のそれと同義だからな。」司令席のゲンドウを見る冬月。

リツコの監禁されている独房
「分かってるわ、MAGIの自律防御でしょ。」

携帯電話をを耳に当てながら大股で歩くミサト。片手で髪を束ねていたゴムバンドをはずす。
「状況は？」
「おはようございます。先ほど第2東京からA-801が出ました！」
「現在MAGIがハッキングを受けています。かなり押されています。」
「伊吹です。今、赤木博士がプロテクトの作業に入りました。」
「リツコが？」

CASPER･3の中でプロテクトの作業をしているリツコ。
「私、馬鹿な事してる？ ロジックじゃないもんね男と女は。」
「そうでしょ？母さん。。。」

「MAGIは前哨戦に過ぎん、奴らの目的は本部施設、及び残るEVA2体の直接占拠だな。」
「ああ、リリス、そしてアダムさえ我らに有る。」
「老人たちが焦るわけだ」

「碇はMAGIに対し、第666プロテクトを掛けた。この突破は容易ではない。」
「MAGIの接収は中止せざるを、得ないな。」
「出来得るだけ穏便に進めたかったのだが致し方あるまい。本部施設の直接占拠を行う。」

戦自隊員達が林の中を中腰で移動していく。
箱根外輪山をなめるように飛行していく戦自のVTOL機
第３新東京市へ戦車砲発砲
ミサイル車両から次々と発射されるミサイル
芦ノ湖の脇の山の山肌に数発の弾丸が着弾する
弾丸が命中して爆発するレーダーサイト
爆発する観測車両

「やはり最後の敵は同じ人間だったな」
「総員、第一種戦闘配置」

ゲート前でライフルを持ち警戒しているネルフの戦闘スタッフ。
後ろから忍び寄った戦自隊員に口をふさがれ、後ろから刺される。
「うっ、」
崩れ落ちるネルフの戦闘スタッフ。
次々とゲートが開き戦自隊員が突入してくる。
侵入してきた戦自隊員が、血溜まりに倒れているネルフの戦闘スタッフの横を次々と通過。
「西館の部隊は陽動よ、本命がエヴァの占拠ならパイロットを狙うわ！至急、シンジ君を初号
機に待避させて！」
「はい！」
「アスカは？」
「３０３号病室です。」
「構わないから弐号機に乗せて。」
「しかし、未だエヴァとのシンクロは回復していませんが。。。」
「そこだと確実に消されるわ。かくまうにはエヴァの中が最適なのよ。」
「アスカ収容後、エヴァ弐号機は地底湖に隠して。すぐに見つかるけどケイジよりましだわ。
レイは？」
「所在不明です。位置を確認できません。」
「殺されるわよ。捕捉急いで！」

オレンジ色のL.C.Lの水槽の中に裸で浮かんでいるレイ。

「弐号機射出！８番ルートから水深70に固定されます。」
「続いて初号機発進！ジオフロント内に配置して！」
「だめです!パイロットがまだ!」
階段の下に膝を抱えてしゃがみ込んだシンジが写し出されている。
「なんて事！」

「地下、第３隔壁破壊、第二層に侵入されました。」
「戦自、約１個師団の投入か。占拠は時間の問題だな。」
突然立ち上がり、冬月に話しかけるゲンドウ。「冬月先生、後を頼みます。」
冬月:「分かっている。ユイ君によろしくな。」

次々と占拠されていく状況をモニターで見ているミサト。
次々とオレンジの表示が赤い「CAPTURED」の表示に変わっていく。
「第3層まで破棄します。戦闘員は下がって！８０３区間までの全通路とパイプにベークライ
トを注入！」
「これで少しはもつでしょう」
「葛城三佐、ルート47が寸断されグループ3が足止めを食ってます。このままではシンジ君が！」
階段の下で膝を抱え俯きながら座っているシンジ。
銃にマガジンを装填、日向の耳元でつぶやくミサト。「ごめん、後よろしく。。」
発令所をあとにするミサト。

「分が悪いよ。本格的な対人要撃システムは用意されてないからな、ここ。」
「第１発令所の爆発を肉眼で確認。」
「ま、せいぜいテロ止まりだ。」
「戦自が本気を出したらここの施設なんてひとたまりもないさ。」
「今考えれば、侵入者要撃の予算縮小って、これを見越してのことだったのかなあ。」
「あり得る話だ。。。」
突然、発令所下層の隅の壁が爆破される。
煙の中から機銃が乱射され、盾を持った戦自隊員が突入してくる。
クッションを抱いてふるえているマヤの脇に、走り寄り銃を渡す青葉。
「ロックはずして！」
「あたし。。。あたし鉄砲なんて撃てません。。。」
「訓練で何度もやってんだろ！」
「でもその時は人なんていなかったんですよ！！」
「バカ！撃たなきゃ死ぬぞ！」

セントラルドグマ
「レイ」暗闇から不意に声がかかる。
「やはりここにいたか。。。」ゆっくりと声の方へ振り向くレイ
暗闇からゲンドウが現れ、レイの前で立ち止まる。見つめ合う二人。
「約束の時だ。さあ、行こう。」

シンジの隠れている階段に着弾する。
戦自隊員が３人、シンジに駆け寄る。「サード発見、これより排除する。」
「悪く思うな、坊主。。」
(拳銃の射撃音)
(ミサトの走る音)
銃を乱射しながら戦自隊員の攻撃をものともせず通路を一直線に走ってくるミサト。
「悪く思わないでね」
(拳銃の射撃音)
壁に血が飛び散る。
(戦自隊員の倒れる音)
血の跡を残しながら崩れ落ちる戦自隊員。
さっきと同じ格好で座っているシンジに声をかけるミサト。
「さあ、行くわよ初号機へ。」

「まずいわね、奴ら初号機とシンジ君の物理的接触を断とうとしているわ。」
「ファーストは未だ発見できず。」
「こいつはうかうか出来ないわね。急ぐわよ、シンジ君。」
動かないシンジ。
「ここから逃げるのか、エヴァの所に行くのかどっちかにしなさい。このままだと何もせずた
だ死ぬだけよ！」
「助けてアスカ、助けてよ！」
「こんな時だけ女の子にすがって、逃げて、ごまかして、中途半端が一番悪いわよ！」
「さあ！立って！立ちなさい！」
「もうやだ、死にたい、何もしたくない。。」
「何甘ったれたこと言ってんのよ！アンタまだ生きてるんでしょ！
だったらしっかり生きて、それから死になさい！」

「あちこち爆破されているのに、やっぱりここには手を出さないか。」
「一気に片をつけてたいところだろうが、下にはMAGIのオリジナルがあるからな。」
「出来るだけ無傷で手に入れておきたいんだろ。」
「ただ、対BC兵器装備は少ない。使用されたらやばいよ。」
「N2兵器もな。」
(ミサイルの飛行音)
(爆発音)
凄まじい爆発と閃光が起こる。
凄まじい衝撃に見舞われる第2発令所。
「っちぃ、言わんこっちゃない。」
「奴ら加減ってものを知らないのか！」
天井を見上げる冬月、「ふっ、無茶をしおる」
「ねぇ！どうしてそんなにエヴァが欲しいの？」

ミサト愛車
「サード・インパクトを起こすつもりなのよ。使徒ではなくエヴァシリーズを使ってね。」
「15年前のセカンド・インパクトは人間によって仕組まれたものだったわ 。けどそれは、他
の使徒が覚醒する前にアダムを卵にまで還元することによって、被害を最小限に食い止めるた
めだったのよ。シンジ君。。私たち人間もね。アダムと同じ、リリスと呼ばれる生命体の源か
ら生まれた、18番目の使徒なの。他の使徒たちは別の可能性だったの。人の形を捨てた人類の。。
ただ、お互いを拒絶するしかなかった、悲しい存在だったけどね。同じ人間同士も。
いい、シンジ君。エヴァシリーズを全て消滅させるのよ。生き残る手段は、それしかないわ。」
助手席で膝を抱えて座っているシンジ。

地底湖の湖底で膝を抱え込み丸くなって横たわっている弐号機。
「生きてる。。。」
意識の戻るアスカ。
爆雷が弐号機の頭部を直撃する。
「ぃやぁ！
　　死ぬのはいや
　　死ぬのはいや
　　死ぬのはいや
　　死ぬのはいや
　　死ぬのはいや
　　死ぬのはいや
　　死ぬのはいや
　　死ぬのはいや
　　死ぬのはいや
　　死ぬのはいや
　　死ぬのはいや
　　死ぬのは、いやぁぁぁぁ！！」 はっと顔を上げるアスカ
「ママ、ここに居たのね。。。ママ！」

弐号機の四つの複眼が点灯する。
地底湖に浮かぶフリゲート艦の向こう側に十字架状の爆発が起きる。

両手で護衛艦を持ち上げながら弐号機が姿を現す。
湖岸から多数のミサイルが発射される。
護衛艦を斜めに傾けてミサイルを防ぐ弐号機。
(ミサイルの爆発音)
護衛艦に当たって爆発するミサイル

「どをりゃぁぁ！」
「ママ、ママ、解ったわ。」
「Ａ.Ｔ.フィールドの意味」
「私を守ってくれてる」
「私を見てくれてる」
「ずっと、ずっと一緒だったのね！ママ！」
「エヴァ弐号機起動、アスカは無事です！生きてます！」
「アスカが！」
「ケーブルだ！奴の電源ケーブル、そこに集中すればいい！」
切断されるケーブル、内部電源への切り替わりを示すパネル。
外部電源から内部電源に切り替わり、活動限界までの時間がカウントダウンされる。
「アンビリカルケーブルが無くったって、こちとらには1万2千枚の特殊装甲と、」
「Ａ.Ｔ.フィールドがあるんだから！」
「負けてらんないのよ！あんた達にぃ！」
次々と破壊されるVTOL機。

ゼーレ
「忌むべき存在のエヴァ、またも我らの妨げとなるか。やはり、毒は、同じ毒を以て征すべき
だな」
エヴァ専用大型輸送機が1番機から9番機まで、重なり合い編隊を組むように飛行している。
回転しながら挿入されていくダミープラグ。
輸送機から切り離され自由落下する量産型エヴァ９体。
上空を見上げるアスカ。
「エヴァ･シリーズ、完成していたの？」

第２発令所司令席
「Ｓ２機関搭載型を９体、全機投入とは。大げさすぎるな。
まさか！ここで起こすつもりか？」
次々と弐号機を取り囲むように舞い降りる量産型エヴァ

「いい？アスカ、エヴァシリーズは必ず殲滅するのよ！
シンジ君もすぐに上げるわ、がんばって！」
「で、初号機へは非常用のルート20で行けるのね？」
「はい、電源は3重に確保してあります。3分以内に乗り込めば、第7ケージへ直行できます」
シンジを強引に引きずっていくミサト
「必ず殲滅、ね。ミサトも病み上がりに軽く言ってくれちゃって」
「残り３分半で９つ！」
「１匹につき、２０秒しか無いじゃない。」
首と腰を折るように量産機を持ち上げる弐号機。量産機の赤い体液が大量に弐号機にかかる。
「erst」

本部内通路
「ここね、」
銃撃音、シンジを押し出し、銃弾を受けるミサト
脇腹を撃たれ、転がり込むようにゲートに逃げ込む二人
「追跡不要、そこは爆破予定だ。至急戻れ。」
「了解」

エレベータホール
「これで。。。時間、稼げるわね。。」
「大丈夫、大したこと無いわ。...っん」
(エレベータのシャッターの開く音)
「電源は生きてる。行けるわね。」
「いい、シンジ君。ここから先はもうあなた一人よ。全て一人で決めなさい。誰の助けもなく」
「僕は、だめだ。だめなんですよ。人を傷つけてまで、殺してまでエヴァに乗るなんて、そん
な資格ないんだ。僕は、エヴァに乗るしかないと思ってた。でも、そんなのごまかしだ。なん
にも分かってない僕には、エヴァに乗る価値もない。僕には人の為に出来ることなんて、なん
にもないんだ！」
「アスカに酷いことしたんだ。カヲル君も殺してしまったんだ。
優しさなんてかけらもない、
ずるくて臆病なだけだ。僕には人を傷つけることしかできないんだ！だったら何もしない方が
いい！」
「自分が嫌いなのね
　だから人も傷つける
　自分が傷つくより、人を傷つけた方が心が痛いことを知っているから。
　でも、どんな想いが待っていても、それはあなたが自分一人で決めたことだわ。
　価値のあることなのよ、シンジ君。あなた自身のことなのよ。
　自分の出来ることを考え、償いは自分でやりなさい。」
「ミサトさんだって、他人のくせに！何も分かってないくせに！」
「他人だからどうだってのよ！あんたこのまま止めるつもり？今、ここで何もしなかったら、」
ミサトの手がシンジの頬をつかむ。
「あたし許さないからね！一生あんたを許さないからね！」
「今の自分が絶対じゃないわ、後で間違いに気づき、後悔する。あたしはその繰り返しだった。
ぬか喜びも、自己嫌悪を重ねるだけ。でも、そのたびに前に進めた気がする。
いい、シンジ君。もう一度エヴァに乗ってケリを付けなさい。
エヴァに乗っていた自分に、何のためにここにきたのか、何のためにここにいるのか、今の自
分の答えを見つけなさい。そして、ケリを付けたら、必ず戻ってくるのよ。」
十字架のペンダントをはずし、シンジに手渡すミサト
「約束よ。」
「行ってらっしゃい。大人のキスよ。帰ってきたら続きをしましょ。」
エレベータのシャッターが閉まる。
壁に血痕を残して倒れていくミサト。
「はぁ、こんなことなら、アスカの言うとおり、カーペット、換えときゃよかった・・ね・・
ペンペン。加持くぅん・・あたし、これでよかったわよね・・・」
爆発が起こり、エレベータホール全てを覆う。

Ｒ−２０エレベータ内
泣きながら涙を拭っているシンジ。口元と、顔を拭っていた手にはミサトの血が付いている。
「っうっく、ひっく。」

ジオフロント表層
弐号機、量産機を地底湖に押し倒す
「うわぁぁーーーーー！」左肩を開きプログレッジブ・ナイフを取り出し、起きあがろうとし
ていた量産機の頭部にプログナイフを突き刺す。
量産機の上顎を貫通し、折れるプログナイフ。活動を停止する量産機。
湖をかき分け、量産機に突っ込む。プログナイフの予備の刃で、量産機の右腕を切り落とす。
右手がもげながらも、突っ込んでくる量産機にヘッドロックをかけ、首を折る。
そして量産機の持っていた刃型兵器をつかみ、振り回した反動でよろけながらも、左足を切り
落とす。

初号機ケイジ
ケージごとベークライトで固められた初号機
シンジが膝を抱え呆然とした表情でうずくまっている
「もぉ、しつこいわねぇ！バカシンジなんかあてにできないのにぃ！」

ターミナルドグマ
裸のレイを連れたゲンドウが現れる
横の方でＬＣＬ際に腰掛けているリツコ
「お待ちしておりました」ゆっくりとゲンドウの前に立ち、白衣のポケットから銃を取り出す
ゲンドウに銃口を向けるリツコ

ジオフロント表層
「うをぉぉーーー！」 建物にめり込んだ量産機を強引に引きずり出すが、別の量産機に押し倒される弐号機
右肩のパーツを開き太い針状の兵器を射出。針が頭部に刺さり、のけぞる量産機
空薬夾を排出し、起きあがりながらもう一回針状の兵器を射出

ターミナルドグマ
「ごめんなさい。 あなたに黙って先ほど、MAGIのプログラムを変えさせてもらいました。」
「娘からの最後の頼み。母さん、一緒に死んでちょうだい。」
白衣のポケットの中のリモコンを押すリツコ
「作動しない！なぜ？」
CASPER･3だけが「REFUSED」の文字が点滅している
「はっ！CASPERが裏切った！母さん、娘より自分の男を選ぶのね。」
涙声になるリツコ
リツコに向かって拳銃を構えるゲンドウ
「赤木リツコ君。本当に・・・」
「嘘つき・・・」
ターミナルドグマに鳴り響く銃声。L.C.Lの池へと吹き飛ぶリツコ

第２発令所
「活動限界まで、１分を切ってます。このままじゃアスカは。」

ジオフロント表層
量産機に頭部を捕まれている弐号機
「負けてらんないのよぉ！」

初号機ケイジ
「ママが見てるのにぃ。」
「ママ？」
シンジ、初号機の方を見て、「母さん？」

ジオフロント表層
掴んでいた量産機を別の量産機に投げつけ、まとめてボディーブローをかます弐号機
前方の量産機の体を弐号機の手が貫通
「こ・れ・で・ラストォーー！」
掴んでいた量産機のコアを握り潰しにかかる
コアを潰されかかってのけぞる量産機

後方から刃型兵器を投げる量産機の１機
咄嗟に手をかざしＡ.Ｔ.フィールドを展開、防ごうとする弐号機
弐号機を守るように展開されるＡ.Ｔ.フィールド
Ａ.Ｔ.フィールドにぶつかり静止する刃型兵器
しかし、二重螺旋の槍へと形態を変え、Ａ.Ｔ.フィールドをゆっくりと浸食しはじめる
「ロンギヌスの槍！？」
貫かれる弐号機のＡ.Ｔ.フィールド、槍はそのまま弐号機の頭部の左側へと刺さる
力無く垂れ下がる弐号機の腕。そのまま、後ろに倒れ、槍に支えられる形で止まる

弐号機エントリープラグ
「ぎゃぁぁぁぁーーーーー」
内蔵電源のカウンターが「0:00」。内蔵電源の切れる弐号機。
弐号機、沈黙。
「あぁぁぁーー！　うやぁぁぁーーー！」
左目のあたりを押さえて絶叫するアスカ

第２発令所
「内蔵電源、終了。活動限界です。エヴァ弐号機、沈黙・・」
「何これ？！倒したはずのエヴァシリ−ズが・・・」

ジオフロント表層
弐号機に倒されたはずの量産機が活動を再開する
「エヴァシリーズ、活動を再開。」

ジオフロント表層
ゆっくりと、活動を停止した弐号機へ近寄っていく量産機
にたっと笑い翼を広げ次々ゆっくりと飛び上がり、上空から禿鷹のように活動を停止した弐号
機に群がっていく量産機
「とどめを刺すつもりか」
弐号機の拘束具を引きちぎり、肉片や内臓を引っ張っていく量産機
「もう見れません！見たくありません！」
「こ、これが、弐号機！？」
ディスプレイ上に図式化され表示されるパーツが引き散られ、バラバラにされていく弐号機

弐号機エントリープラグ
「ぅっ・・ぐぅっっっ・・ぐうぅぅ・・・」
左目と下腹部を押さえ苦しんでいるアスカ
「殺してやる・・殺してやる・・」
再起動する弐号機。右目を押さえ、左手を天に伸ばすアスカ
「殺してやる・・・殺してやる・・・・」
弐号機の上空を舞う量産機
鬼のような形相のアスカ
ゆっくりと動き出す弐号機。量産機にバラバラにされながらも左腕を宙に持ち上げる
「殺してやる・・殺してやる・・・殺してやる・・・殺してやる・・・・」
右手で右目を押さえ、上空を舞う量産機に左手を伸ばそうとするアスカ
「殺してやる・・・殺してやる・・・殺してやる・・・」

第２発令所
「暴走か？！」
「止めて・・・アスカ、もう止めてぇ！」

「殺してやる・・・
　殺してやる・・・
　殺してやる・・・
　殺してやる・・・
　殺してやる・・・
　殺してやる・・・
　殺してやる・・・
　殺してやる・・・
　殺してやる・・・
　殺してやる・・
　殺してや・・・・・」
アスカの宙に伸ばしていた右腕が縦にまっぷたつになる
上空から投擲されたロンギヌスの槍が、弐号機の腕を縦にまっぷたつに裂く
ロンギヌスの槍に次々と貫かれる弐号機

初号機ケイジ
「っひ！！シンジ君、弐号機が、アスカがぁ、アスカがぁぁ！！！」
ケージの隅で膝を抱えてうずくまっているシンジ
「だってエヴァに乗れなんだ。どうしようもないんだ。」
ベークライトをぶち破って動き出す初号機の左腕が伸び、シンジのうずくまっている所へ
「母さん」

ターミナルドグマ
「初号機が動き出したか・・・」

光の十字架が天を貫く
左右に分かれ、翼のような形に変化していく光の柱

「エヴァンゲリオン初号機！」
「まさに、悪魔か！」

荒野と化していく周囲

「アスカ!」
量産機に引きちぎられ無惨な姿となった弐号機
眼球ははみ出し、頭部から脳漿があふれている
腕をくわえたまま上空を旋回している量産機
シンジ、絶叫
「うわぁぁぁぁぁぁぁぁーーーーーーーーーーーーー！
わぁぁぁぁぁぁぁぁぁぁぁぁーーーーーーーーーーー！」