| 名称 | 天然保護区域 | 都道府県 | 市町村 | |
|---|---|---|---|---|
| 長岡のゲンジボタルおよびその発生地 | 滋賀県 | 米原市長岡 | 位置 | |
| 高知市のミカドアゲハおよびその発生地 | 高知県 | 高知市天神町 筆山町 潮江 |
位置 | |
| 大雪山 | 天然保護区域 | 北海道 | 上川町 東川町 美瑛町 |
位置 |
| 尾瀬 | 天然保護区域 | 群馬県 福島県 新潟県 |
片品村 桧枝岐村 魚沼市 |
位置 |
| 上高地 | 天然保護区域 | 長野県 | 松本市 | 位置 |
| 黒部峡谷附猿飛ならびに奥鐘山 | 天然保護区域 | 富山県 | 黒部市 | 位置 |
| 名称 | 天然保護区域 | 都道府県 | 市町村 | |
|---|---|---|---|---|
| 和琴ミンミンゼミ発生地 | 北海道 | 弟子屈町 | 位置 | |
| 沢辺ゲンジボタル発生地 | 宮城県 | 栗原市金成沢辺 | 位置 | |
| 東和町ゲンジボタル生息地 | 宮城県 | 登米市東和町 | 位置 | |
| 片庭ヒメハルゼミ発生地 | 茨城県 | 笠間市片庭 楞厳寺 | 位置 | |
| 鶴枝ヒメハルゼミ発生地 | 千葉県 | 茂原市上永吉 | 位置 | |
| 能生ヒメハルゼミ発生地 | 新潟県 | 糸魚川市能生 白山神社 | 位置 | |
| アサヒヒョウモン | 地域を定めず | |||
| ウスバキチョウ | 地域を定めず | |||
| オガサワラアメンボ | 地域を定めず | |||
| オガサワライトトンボ | 地域を定めず | |||
| オガサワラクマバチ | 地域を定めず | |||
| オガサワラシジミ | 地域を定めず | |||
| オガサワラセスジゲンゴロウ | 地域を定めず | |||
| オガサワラゼミ | 地域を定めず | |||
| オガサワラタマムシ | 地域を定めず | |||
| オガサワラトンボ | 地域を定めず | |||
| カラフトルリシジミ | 地域を定めず | |||
| ゴイシツバメシジミ | 地域を定めず | |||
| シマアカネ | 地域を定めず | |||
| セマルコガネ | 地域を定めず | |||
| ダイセツタカネヒカゲ | 地域を定めず | |||
| ハナダカトンボ | 地域を定めず | |||
| ヒメチャマダラセセリ | 地域を定めず | |||
| ヤンバルテナガコガネ | 地域を定めず | |||
| 釧路湿原 | 天然保護区域 | 北海道 | 標茶町 鶴居村 釧路町 |
位置 |
| 沙流川源流原始林 | 天然保護区域 | 北海道 | 日高町 | 位置 |
| 松前小島 | 天然保護区域 | 北海道 | 松前町 | 位置 |
| 標津湿原 | 天然保護区域 | 北海道 | 標津町 | 位置 |
| 十和田湖および奥入瀬渓谷 | 天然保護区域 | 青森県 秋田県 |
十和田市 小坂町 |
位置 |
| 月山 | 天然保護区域 | 山形県 | 鶴岡市 庄内町 |
位置 |
| 鳥島 | 天然保護区域 | 東京都 | 鳥島 | 位置 |
| 南硫黄島 | 天然保護区域 | 東京都 | 小笠原村 | 位置 |
| 上野楢原のシオジ林 | 天然保護区域 | 群馬県 | 上野村 | 位置 |
| 黒岩山 | 天然保護区域 | 長野県 | 飯山市 | 位置 |
| 大杉谷 | 天然保護区域 | 三重県 | 大台町 | 位置 |
| 阿値賀島 | 天然保護区域 | 長崎県 | 平戸市 | 位置 |
| 男女群島 | 天然保護区域 | 長崎県 | 五島市 | 位置 |
| 双石山 | 天然保護区域 | 宮崎県 | 宮崎市 | 位置 |
| 稲尾岳 | 天然保護区域 | 鹿児島県 | 南大隈町 錦江町 肝付町 |
位置 |
| 神屋・湯湾岳 | 天然保護区域 | 鹿児島県 | 奄美市 宇検村 |
位置 |
| 星立天然保護区域 | 天然保護区域 | 沖縄県 | 竹富町 | 位置 |
| 仲間川天然保護区域 | 天然保護区域 | 沖縄県 | 竹富町 | 位置 |
| 与那覇岳天然保護区域 | 天然保護区域 | 沖縄県 | 国頭村 | 位置 |
| 中山の風穴地特殊植物群落 | 福島県 | 下郷町 | 位置 | |
| 雄国沼湿原植物群落 | 福島県 | 北塩原村 | 位置 | |
| 駒止湿原 | 福島県 | 昭和村 | 位置 | |
| ゲンジボタル発生地 | 愛知県 | 岡崎市 | 位置 | |
| 笠森寺自然林（ヒメハルゼミ） | 千葉県 | 長南町 | 位置 |