| 放送日 | 話 | サブタイトル | 演出 | 絵コンテ | 作画監督[メカ作監] |
|---|---|---|---|---|---|
| 04/13 | 第1回 | エッフェル塔の少女 | 森川滋 | 森川滋/庵野秀明 | 鈴木俊二 |
| 04/20 | 第2回 | 小さな逃亡者 | 増尾昭一 | 増尾昭一 | 窪岡俊之 |
| 04/27 | 第3回 | 謎の大海獣 | 摩砂雪 | 摩砂雪 | 鈴木俊二 |
| 05/04 | 第4回 | 万能戦艦ノーチラス号 | 米谷良知 | 米谷良知 | 竹内啓 |
| 05/11 | 第5回 | マリーの島 | ますなりこうじ | もりたけし | 松原秀典 |
| 05/18 | 第6回 | 孤島の要塞 | もりたけし | もりたけし | 阿部司 |
| 05/25 | 第7回 | バベルの塔 | 佐々木祐之 | 垂水士 | 川名久美子 |
| 06/01 | 第8回 | ナディア救出作戦 | もりたけし | もりたけし | 鈴木俊二/貞本義行 |
| 06/08 | 第9回 | ネモの秘密 | 鈴木幸雄 | 庵野秀明/根本清 | 釘宮洋 |
| 06/15 | 第10回 | グラタンの活躍 | 神谷純 | 池上誉優/前田真宏 | 川名久美子 |
| 06/22 | 第11回 | ノーチラス号の新入生 | 佐々木祐之 | もりたけし | 加瀬政広/平松禎史 |
| 07/06 | 第12回 | グランディスの初恋 | 窪岡俊之 | 窪岡俊之 | 鈴木俊二 |
| 07/13 | 第13回 | 走れ！マリー | もりたけし | 摩砂雪 | 柳田義明 |
| 07/20 | 第14回 | ディニクチスの谷 | 鈴木幸雄 | 鈴木幸雄/根本清 | 釘宮洋 |
| 07/27 | 第15回 | ノーチラス最大の危機 | 増尾昭一 | 増尾昭一 | 加瀬政広/平松禎史 |
| 08/24 | 第16回 | 消えた大陸の秘密 | 根本清 | 前田真宏 | 川名久美子 |
| 08/31 | 第17回 | ジャンの新発明 | もりたけし | もりたけし | 円瀬克英 |
| 09/07 | 第18回 | ノーチラス対ノーチラス号 | 牧野滋人 | 孩 菜来子 | 釘宮洋 |
| 09/14 | 第19回 | ネモの親友 | 川端蓮司 | もりたけし | 高田耕一 |
| 09/21 | 第20回 | ジャンの失敗 | 根本清 | 摩砂雪 | 窪岡俊之 |
| 10/26 | 第21回 | さよなら…ノーチラス号 | 高山文彦 | 樋口真嗣 | 貞本義行 |
| 11/02 | 第22回 | 裏切りのエレクトラ | 森川滋 | 前田真宏 | 鈴木俊二 |
| 11/09 | 第23回 | 小さな漂流者 | 浦野寛徳 | 浦野寛徳 | 川名久美子 |
| 11/16 | 第24回 | リンカーン島 | 牧野滋人 | 根本清 | 小泉 昇 |
| 11/30 | 第25回 | 初めてのキス | 栗井重紀 | 樋口真嗣 | 中沢一登 |
| 12/07 | 第26回 | ひとりぼっちのキング | 川端蓮司 | 樋口真嗣 | 高田耕一 |
| 12/14 | 第27回 | 魔女のいる島 | 宇田忠順 | 浦野寛徳 | 金 世昌 |
| 12/21 | 第28回 | 流され島 | 川端蓮司 | 摩砂雪/樋口真嗣 | 白 南烈 |
| 01/11 | 第29回 | キング対キング | 牧野滋人 | 根本清/摩砂雪 | 小泉 昇 |
| 01/25 | 第30回 | 地底の迷路 | 根本 清 | 樋口真嗣 | 本田 雄 |
| 02/01 | 第31回 | さらば、レッドノア | 浦野寛徳 | 窪岡俊之 | 鶴巻和哉 |
| 02/08 | 第32回 | ナディアの初恋 | 星野寛満 | 浦野寛徳 | 野口啓生 |
| 02/15 | 第33回 | キング救助作戦 | 川端蓮司 | 摩砂雪 | 高田耕一 |
| 02/22 | 第34回 | いとしのナディア | 宇田忠順 /岡本悲八 |
いぬまくら | 金 世昌 /空母そ・そ・そ・そ |
| 03/01 | 第35回 | ブルーウォータの秘密 | 星野寛満 /まえだまひろ |
前田真宏 | 本田 雄 |
| 03/08 | 第36回 | 万能戦艦N-ノーチラス号 | 青野 昌 | 摩砂雪 | 窪岡俊之 |
| 03/15 | 第37回 | ネオ皇帝 | 牧野滋人/犬枕王 | 浦野寛徳 | 小泉昇/あんのひであき |
| 03/22 | 第38回 | 宇宙(そら)へ… | 摩砂雪 | 樋口真嗣 | 鈴木俊二[増尾昭一] |
| 03/29 | 最終回 | 星を継ぐ者 | もりたけし | 窪岡俊之 | 鈴木俊二/貞本義行 /鶴巻和哉[増尾昭一] エピローグ作画:本田雄 |