| １話〜８話 | ホテル編 | 宇宙から毎回変なお客がやってくる話が多い。わりと原作どうり。 |
| ９話〜10話 | スペーススーツ編 | 以後いろいろ役に立つスペーススーツ入手編。 |
| 11話〜12話 | 修学旅行編 | 火星に修学旅行に行く話。 |
| 13話〜14話 | アルバイトしたり、財宝探したり。 | |
| 15話 | ５エモン編 | ジュゲム星人の昔話。いわゆるインターミッション的な話 |
| 16話〜18話 | ホテル編 | 再度ホテルメインの話。 |
| 19話〜22話 | 木星編 | エモンの初恋の相手ハルカに会いに行く話。 シリーズ中最もロマンティック。 |
| 23話 | 番外編 | 地球に帰ってきたエモンの見た悪夢。シップ入手。 |
| 24話〜25話 | モコラ編 | おさわがせモコラの話。 |
| 26話〜27話 | サルガッソー編 | スカンレーとのサルガッソー編。エンジンも入手。 |
| 28話〜29話 | 地球での話 | |
| 30話〜36話 | 宇宙冒険編 | エモンがいろんな星へ旅したりする話。 |
| 37話〜38話 | クライマックス編 | 異星人による地球侵略の話。 |
| 39話 | 総集編 |